Identificación
Hemos decidido cambiar el método de identificación de bacterias del gen 16S ribosomal a la secuenciación genómica a baja profundidad (<100,000 secuencias) ya que esto nos permite una clasificación e identificación más acertada. Varias especies cercanas tienen la secuencia del 16S muy similar, sino que idénticas, lo que imposibilita realizar una identificación específica. Al hacer esta secuenciación, adicionalmente comúnmente se obtiene el gen 16S ribosomal completo que sirve obviamente también para una identificación complementaria o alternativa en caso que no se tenga un genoma de referencia en las bases de datos GTDB.
Entregables
Apróximadamente 100,000 secuencias fastq
Genoma ensamblado a baja profundidad (<10X)
Reporte de identificación taxonómica con la base de datos GTDB
Requisitos
Cepas puras o ADN
En caso que la cepa no se observe pura, se procederá a su purificación a un costo adicional
Para el ADN no nos hacemos responsables si proviene de una cepa no pura
ADN a 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5, no en agua.
Calidad del ADN 260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8
Suele suceder que es muy difícil a veces obtener cepas puras y no queda más remedio que secuenciarlas y tratar luego de separar los contigs resultantes del ensamble por métodos bioinformáticos. En estos casos, se aconseja realizar una secuenciación del genoma a alta profundidad y luego hacer la separación, que nunca será perfecta pero da una buena idea de los genomas participantes. Este método aplica si la contaminación es por dos especies diferentes, si son cepas de la misma especie, es mucho más difícil decidir que contig pertenece a que cepa. Obviamente los elementos extracromosomales que pudieran contener casi es imposible decir de cuál de los genomas provienen.