Metagenómica

Metagenomas shotgun

Secuenciación metagenómica, también llamada shotgun o funcional, de todo el ADN presente en una muestra por medio de la plataforma Illumina Miseq i100 (secuencias pair-end 2x150). Incluye la preparación de librerías con Nextera XT. El número de secuencias óptimo depende mucho de los objetivos del proyecto y del tipo de muestra de que se trate, la diversidad que pudiera tener. 

Opciones

• Baja profundidad. Útil para una muy buena clasificación taxonómica a nivel especie y dar una idea general de los genes presentes en la muestra (clasificación funcional).

• Profundidad estándar. Además de lo que se obtiene a baja profundidad, se puede obtener una buen clasificación funcional y posibilidad de obtener Genomas a partir de Metagenomas (MAGs por su siglas en inglés).

Entregables

• Baja profundidad: medio millón de secuencias pair-end en formato fastq.

• Profundidad estándar: un mínimo de 2 millón de secuencias pair-end en formato fastq.

Nota. Se pueden obtener mas secuencias pero el precio tendría que ser ajustado. 

Requisitos

• Cantidad ADN: 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5.

• Calidad ADN:  260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8

• Foto de gel de agarosa para ver la integridad del ADN

Análisis bioinformático opcional

 El análisis bioinformático opcional incluye: 

• Limpieza

•  Ensamble de secuencias

• Asignación taxonómica

• Asignación funcional de secuencias

• No incluye interpretación de resultados.

Tiempo de entrega

• 4 a 6 semanas, pero el tiempo puede variar dependiendo del número de muestras. Para pocas muestras no podemos prometer una fecha fija.