Microbiota 16S/18S

Tipificación por amplicones (Taxonomic Amplicon Fingerprinting)

Secuenciación de una región variable del gen 16S o 18S ribosomal para conocer la microbiota existente en una muestra, tanto la cultivable como la no cultivable. La selección de la región a utilizar depende casi de los gustos personales, ya que éstas generan resultados similares, a pesar que una sea más grande que la otra.

Opciones

• Procariontes

  • 16S región V3 (200 pb)

  • 16S región V4 (290 pb)

• Eucariontes

  • 18S región V9 (170 pb)

Entregables

• Un mínimo de 20,000 secuencias ensamblables para 16S-V3 y 18S-V9 y 30,000  para 16S-V4 por muestra en formato fastq pair-end. Los parámetros de calidad de las secuencias serán >Q30, >148 bases y un traslape de al menos 8 bases. En caso que algunas muestras no pasen estos criterios de calidad, se repetirán en la corrida próxima posible, por lo que el tiempo de entrega de esas muestras podría extenderse.

• Reporte de análisis de calidad de las secuencias.

• En caso de solicitarlo, análisis bioinformático

Requisitos

• Muestra

  • Muestra preservada en etanol 96 fría.

• ADN

  • Cantidad ADN: 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5.

  • Calidad ADN:  260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8

Análisis bioinformático optativo

El análisis bioinformático opcional incluye:

•  Limpieza de secuencias

• Eliminación de quimeras

• Clasificación de secuencias en OTUs

• Curvas de rarefacción

• Análisis de diversidad alfa y beta 

• Reporte

• No incluye interpretación de resultados.

Tiempo de entrega

• 4 a 6 semanas, pero el tiempo puede variar dependiendo del número de muestras. Para pocas muestras no podemos prometer una fecha fija.

• NOTA. Suele suceder que una muestra tenga elementos que inhiban la secuenciación y comúnmente haya significativamente menor rendimiento, en estos casos se tratará de repetir la secuenciación, pero si aún así nos es posible obtener el número mínimo de secuencias, el costo será no será deducible ni reembolsable por no ser atribuible a nuestro servicio.