Metagenómica
Servicios
Tipificación por amplicones (amplicon fingerprinting)
Secuenciación de una región variable del gen 16S o 18S ribosomal para conocer la microbiota existente en una muestra, tanto la cultivable como la no cultivable. La selección de la región a utilizar depende casi de los gustos personales, ya que éstas generan resultados similares, a pesar que una sea más grande que la otra.
Opciones
Procariontes
16S región V3 (200 pb)
16S región V4 (290 pb)
Eucariontes
18S región V9 (170 pb)
Entregables
Un mínimo de 20,000 secuencias ensamblables para 16S-V3 y 18S-V9 y 30,000 para 16S-V4 por muestra en formato fastq pair-end. Los parámetros de calidad de las secuencias serán >Q30, >148 bases y un traslape de al menos 8 bases. En caso que algunas muestras no pasen estos criterios de calidad, se repetirán en la corrida próxima posible, por lo que el tiempo de entrega de esas muestras podría extenderse.
Reporte de análisis de calidad de las secuencias.
En caso de solicitarlo, análisis bioinformático
Requisitos
Muestra
Muestra preservada en alcohol 96 y/o congelada
ADN
Cantidad ADN: 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5.
Calidad ADN: 260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8
Análisis bioinformático optativo
El análisis bioinformático opcional incluye:
Limpieza de secuencias
Eliminación de quimeras
Clasificación de secuencias en OTUs
Curvas de rarefacción
Análisis de diversidad alfa y beta
Reporte
No incluye interpretación de resultados.
NOTA. Suele suceder que una muestra tenga elementos que inhiban la secuenciación y comúnmente haya significativamente menor rendimiento, en estos casos se tratará de repetir la secuenciación, pero si aún así nos es posible obtener el número mínimo de secuencias, el costo será no será deducible ni reembolsable por no ser atribuible a nuestro servicio.
Metagenomas shotgun
Secuenciación metagenómica, también llamada shotgun o funcional, de todo el ADN presente en una muestra por medio de la plataforma Illumina Miniseq (secuencias pair-end 2x150). Incluye la preparación de librerías con Nextera XT. El número de secuencias óptimo depende mucho de los objetivos del proyecto y del tipo de muestra de que se trate, la diversidad que pudiera tener.
Opciones:
Baja profundidad. Útil para una muy buena clasificación taxonómica a nivel especie y dar una idea general de los genes presentes en la muestra (clasificación funcional).
Profundidad estándar. Además de lo que se obtiene a baja profundidad, se puede obtener una buen clasificación funcional y posibilidad de obtener Genomas a partir de Metagenomas (MAGs por su siglas en inglés).
Entregables
Baja profundidad: medio millón de secuencias pair-end en formato fastq.
Profundidad estándar: un mínimo de 2 millón de secuencias pair-end en formato fastq.
Nota. Se pueden obtener mas secuencias pero el precio tendría que ser ajustado.
Requisitos
Cantidad ADN: 50 ng/ul y necesitamos al menos 20 ul, en buffer de elusión o 10mM Tris-HCl pH 8.5.
Calidad ADN: 260/280 > 1.8 and 260/230 >1.8
Foto de gel de agarosa para ver la integridad del ADN
Análisis bioinformático opcional
El análisis bioinformático opcional incluye:
Limpieza
Ensamble de secuencias
Asignación taxonómica
Asignación funcional de secuencias
No incluye interpretación de resultados.
Tiempo de entrega
4 a 6 semanas, pero el tiempo puede variar dependiendo del número de muestras. Para pocas muestras no podemos prometer una fecha fija.